当卖方持有的权证未“两证合一”的，买卖双方需要先持房屋买卖合同到国土部门申请注销土地权证后，再按照不同土地性质对应的流程办理。同时，对于2004年12月1日前卖方领有《房屋所有权证》办理登记的，需卖方及配偶到场并提交婚姻证明。
1 、土地性质为出让地住宅的二手房买卖
1）咨询台打印或领取并填写合同及申请书等材料、预审、领号；
2）交件受理；
3）凭受理通知书核价并缴税；
4）审核；
5）领取土地和房屋规费通知书；
6）银行缴纳土地和房屋规费；
7）凭税费发票及受理通知书领取登记结果。
2、土地性质为划拨地住宅以及非住宅的二手房买卖
1）咨询台打印或领取并填写合同及申请书等材料、排队领号；
2）核价并缴税；
3）凭税务机关出具的核价表到咨询台预审、领号；
4）交件受理；
5）审核；
6）领取土地和房屋规费通知书；
7）凭税费发票及受理通知书领取登记结果。
3、卖方持有的权证未“两证合一”的
1）买卖双方应先持房屋买卖合同到国土窗口申请注销土地权证；
2）由国土部门出具审核结果通知书后再按上述不同土地性质对应的流程办理。
二、办理时限是多久？需要哪些资料？
1、办理时限：新证1个工作日，老证15个工作日
2、收件资料：
1）填写《重庆市土地房屋权属登记申请书》，原件1份；
2）申请人身份证明，验原件收复印件1份；
3）土地房屋权属证书，原件1份；
4）房屋买卖合同或转让协议，原件1份；
5）涉及军产、宗教产、校产、市有公产应提交有权机关的批准文件，原件1份；
6）卖方系国有企事业单位的，应提交重庆联合产权交易所(重庆市国有资产产权交易中心)、其分支机构出具的《国有产权转让鉴证书》或不予鉴证的文书，或由国资管理部门出具的意见，原件1份；
7）转让的房产已设立了抵押的，还应提交抵押权人同意转让，受让人已知晓的书面证明文件，原件1份；
8）房产已办理了预告登记的，还应提交预告登记证明；原件1份。
1、系共有或出租的，还应提交共有人、承租人放弃优先购房的书面证明。
2、2004年12月1日前申请人领有《房屋所有权证》办理登记的，需申请人及配偶应到场并提交婚姻证明。
3、处置未成年人房产的，其监护人持监护证明和身份证明到场办理并提供处分是为了未成年人利益的书面保证。
4、产权人不能亲自到场的由其委托代理人持经公证的委托书和身份证明到场办理。
5、境外机构、人员购买房屋的需提供国安部门出具的《审查意见通知书》。
6、婚姻关系证明材料包括结婚证、离婚证及协议、能体现婚姻关系的户口簿、民政局出具的婚姻关系证明材料。如申请人确无婚姻关系登记记录，可采取询问及本人承诺的方式。
7、申请人的申请材料应当依法提供原件。不能留存原件的，应提交与原件一致的复印件。不能提交原件的，应当提供出具该材料的机构或法定存档机构确认、公证机构公证或认证复印件与原件一致的证明。